Não há como clonar um servidor Linux sem privilégios administrativos (leia-se: root).
Parece que você está tentando garantir que uma alteração seja testada primeiro em um ambiente separado (que não existe atualmente). A questão é: que camadas essa mudança vai tocar?
Se você souber quais componentes serão atualizados / alterados, saiba no que focar. Digamos que este seja um servidor CentOS 6 executando o MySQL 5.1 e a mudança é para atualizar para o MySQL 5.5 (o que for). Construa uma máquina separada do CentOS 6, instale o MySQL 5.1, replique os dados e a configuração, e tente a atualização e o teste.
Se esta máquina não puder ser parada, como você está corrigindo? Eu espero que você esteja. Se assim for, pode ser parado e só precisa de alguns arranjos. Sua melhor opção é pará-lo e considerar fazer uma operação p2v para que você tenha um sistema exato em execução em uma máquina virtual em algum lugar para experimentar (e muito mais fácil de quebrar e restaurar muitas vezes, se necessário).