Não, você não precisa usar o DNS do registrador.
Sim, você pode editar zonas em massa, mas dependendo do seu registrador, você pode ter que parar de usar o DNS para fazer isso.
A má notícia é que, dependendo do seu registrador, pode ser um PITA inicialmente alterar todos os domínios para usar seus próprios servidores de nomes auto-hospedados.
Se você optar por auto-hospedar seu DNS, e se você estiver usando o BIND ou NSD, você pode colocar qualquer coisa que será o mesmo em seu próprio arquivo e incluir esse arquivo em seus arquivos de zona. Você pode até ter um arquivo de zona usado por vários domínios. Por exemplo:
; Zone template A - db.template.a
$TTL 7200
$INCLUDE db.soa
$INCLUDE db.ns
$INCLUDE db.mx
$INCLUDE db.www
; put whatever else here
..
; db.soa
@ IN SOA ns1.example.com. hostmaster.example.com. (
2014073001 ; Serial
2160 ; Refresh
3600 ; Retry
604800 ; Expire
7200 ) ; Negative TTL
..
; db.ns
@ IN NS ns1.example.com.
@ IN NS ns2.example.com.
...
; db.mx
@ IN MX 10 mx10.example.com.
@ IN MX 20 mx20.example.com.
@ IN TXT "v=spf1 a mx -all"
...
; db.www
@ IN A 192.0.2.1
www IN A 192.0.2.1
www IN MX 0 .
Se você for autoarquivar e usar o PowerDNS, poderá até usar um banco de dados em vez de arquivos de zona reais e fazer alterações em massa com uma consulta SQL.