Este não é um problema do Skype, é uma configuração do Ubuntu. Isso acontecerá em qualquer aplicativo iniciado quando você estiver inativo (sem entrada do usuário) por x minutos.
Como disse, você pode definir essa configuração como Never para desativá-la. Você também pode instalar um applet para desativá-lo facilmente com apenas um clique. Para fazer isso, por favor, dê uma olhada na minha resposta aqui .