Parece que o que você quer é auditar. Registrar 'toda vez que o perl é executado' não é particularmente fácil - como o outro postador menciona, os wrappers podem ser realmente problemáticos para gerenciar, e não impedem que alguém tenha seu próprio binário em perl.
No entanto, os CentOS suportam a Auditoria de Kernel. Em que um registro é feito de lotes de coisas, e as pessoas geralmente não se importam porque é extremamente detalhado.
Receio não poder dar mais detalhes, porque a auditoria tende a ser uma tarefa difícil de configurar e ativar pela primeira vez, mas, caso contrário, você não precisa realmente tocá-la. Sugiro que você procure em seu mecanismo de pesquisa favorito informações sobre como ativar e configurar.