Implantei o GPO com êxito com uma lista EMIE_Sites.xml em funcionamento hospedada no IIS.
Para testar, você pode tentar segmentar o local do GPO para um URL HTTP, bem como um caminho de arquivo local, e verificar se algum dos locais atualiza o valor CurrentVersion (lê o GPO corretamente e atualiza conforme apropriado)?
E, para deixar claro, o valor do registro que você está vendo é: HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Internet Explorer\Main\EnterpriseMode
. Este valor deve ser sincronizado com o valor <rules version="n">
no arquivo XML