O módulo que você adicionou definirá o tempo de expiração para arquivos que o Apache veicula.
Não interferirá nos cabeçalhos de expiração presentes no seu script.
Você pode testar isso movendo a seção mod_expires
para o local raiz do seu servidor - ou seja, não abaixo do prefixo do aplicativo - e buscando algo como /robots.txt
ou /favicon.ico
.
Se você quiser definir cabeçalhos de expiração para a saída dinâmica, faça isso no próprio aplicativo.