Eu encontrei o problema depois de muitos testes: Em um servidor, há o APC v3.1.3 e no outro é v3.1.13. Para que funcione bem, tenho que jogar com os tamanhos de definição "M" (colocando "M" ou não), assim:
v3.1.3 :
apc.shm_size = 256
apc.max_file_size = 2M
v3.1.13 :
apc.shm_size = 256M
apc.max_file_size = 2M