Possível com LD_PRELOAD e algumas bibliotecas, dependendo do software. A coisa mais fácil pode ser colocar algo em rc.local que criará os diretórios como uma etapa final no procedimento de inicialização.
Se você quisesse ter certeza de que os diretórios estão lá continuamente, você poderia ter uma tarefa cron executando que criasse as dirs (usando mkdir -p possivelmente).