Minha suspeita seria de que há um vazamento de FD (você pode confirmá-lo com lsof), o que, por algum motivo estranho, aparece apenas sob LXC. Eu recomendaria a atualização para um syslog-ng (3.5+) mais recente e verifique se o problema persiste. Muitos problemas foram corrigidos desde o 3.2.