Você precisa adicionar um nível de indireção: alimente um banco de dados (um arquivo ou um arquivo real) com o aplicativo php e execute bots que na verdade são executados com privilégios para executar a operação real.
Se você optar por usar arquivos, você pode estar interrested em incron, que permite executar um comando sempre que uma ação ocorre em um arquivo (por exemplo, salvar).