Eu tenho medo que você possa ter problemas se houver arquivos de registro e expectativas de diferentes bibliotecas do sistema Windows envolvidas. Assim, eu não acho que você terá muito sucesso no empacotamento dessa maneira.
Por que você não consegue o arquivo * .msi ou o instala do fornecedor? Espero que você esteja agindo eticamente com relação às restrições da programação do fornecedor.