Para acompanhar as modificações das pastas, você pode ativar a auditoria nos locais com problemas para registrar a atividade.
Clique com o botão direito do mouse nas propriedades na pasta do problema Aba de segurança avançado auditoria adicione todos e crie arquivos.
Isso deve ajudá-lo a rastrear o problema. Os registros serão registrados no log de segurança do Windows.
Você pode querer fazer mais varredura de vírus, etc, no modo de segurança, usando msconfig e desabilitando todos os serviços não-microsoft. Em seguida, tente executar o Microsoft Malicious Software Removal Tool após uma verificação completa de vírus e talvez queira ativar o firewall do Windows como parte de sua proteção para combater esse problema.