O que realmente acontece é que a pasta raiz tem uma cota de 5 GB e cada subpasta tem uma cota de 5 GB. Portanto, você não pode ter um arquivo de 6 GB na pasta raiz, mas pode ter um arquivo de 5 GB por subpasta.
Isso significa que, como a subpasta tem uma cota explícita definida, os arquivos dessa subpasta contam apenas para a cota da subpasta e não para a pasta pai.
Portanto, no seu caso, sim, cada pasta tem uma cota de 5 GB com um total de 45 GB para essas pastas.