O MTRG tem dois backends diferentes. O backend de estilo antigo que usa um arquivo de texto e você pode usar um backend mais novo que usa arquivos RRD. Os arquivos RRD são específicos da arquitetura e até mesmo um pouco sensíveis à versão do rrdtool em uso. Portanto, se você estiver usando o RRD como método de armazenamento, talvez seja necessário passar por um processo de exportação / importação no qual extrai os dados em um sistema de origem e, em seguida, criar novos arquivos RRD no sistema de destino.
Se você estiver usando o formato de armazenamento original, deverá ser tão simples quanto transferir a configuração e todos os dados para o novo sistema. Supondo que você transfira tudo e obtenha todo o software necessário para o mrtg instalado, ele deve funcionar.
Em qualquer caso, a maneira mais fácil de descobrir é apenas tentar. Eu não usei o mrtg no freebsd, mas eu tenho muito nos sistemas Linux.