Como você percebeu, os discos efêmeros não são incluídos em um instantâneo da AMI; apenas o volume da raiz é. Devido a isso, não é possível "capturar instantaneamente" os metadados de mdadm
porque os discos efêmeros serão perdidos quando a instância que os hospeda for destruída. Você pode, no entanto, criar RAIDs persistentes com volumes do EBS.