Will they be two entities and have no issues working side by side after the installation without any interaction?
Sim, eles serão entidades separadas sem nenhuma interação no lado do RemoteApp. É claro que eles estarão no mesmo domínio e terão essa interação como qualquer membro de um domínio, mas, no que diz respeito ao RemoteApp, não haverá conflito.
Se você tivesse uma configuração de farm de terminal / RDS e desejasse adicionar outro servidor Host de Sessão de Área de Trabalho Remota (RDSH), teria que ajustar muito mais a configuração. No que diz respeito ao RemoteApp, a menos que você realmente deseje ampliar os aplicativos em vários servidores, você poderá adicionar o servidor de 2012, associá-lo ao domínio e criar seus Aplicativos remotos como fez na caixa de 2008 e enviá-los para pessoas. Vou observar, no entanto, que você não pode distribuir os RemoteApps da mesma maneira que o 2008 permite, então veja este artigo para um bom guia sobre como contornar isso. Especificamente, a seção intitulada Distribuindo aplicativos remotos e desktops com o Windows Server 2012
Deixe-me saber se você precisar de mais ajuda.