Acho que a melhor abordagem é verificar o compartilhamento SMB diretamente, em vez de usar o check_nt em um host Windows com o compartilhamento montado SMB. Os compartilhamentos SMB existem em um contexto de usuário conectado e não como um serviço de todo o sistema e, portanto, o plug-in check_nt não pode encontrá-los.
Dê uma olhada no plugin check_disk_smb_spaces no Nagios Exchange.