Tenho certeza de que, se você desabilitar o DFS em um controlador de domínio, ficará muito chateado, já que o DFS é usado para replicação sysvol. Teoricamente, não deveria ser necessário para uma configuração de servidor único, mas o SBS é finnicky de qualquer maneira e eu acho que seria uma porcaria na cama.
Você pode desativar o SMB 2.0 no SBS 2011 e os clientes, sem preocupações. link
Além disso, seu fornecedor está falando porcaria, a razão pela qual seu programa ERP tem desempenho ruim é provavelmente porque ele é mal escrito. Não é causado pelo DFS (como poderia ser?). Eu ficaria tentado a dizer a eles que você testou com o DFS desativado e teve os mesmos problemas.