A explicação mais provável é que você não está mais fazendo login como um usuário válido através do phpMyAdmin. Na página principal do phpMyAdmin, olhe para o lado direito; em "Servidor de banco de dados", ele deve informar a você qual nome de usuário você está conectado.
Tente conectar-se a partir do cliente da linha de comando com mysql -u root -p
ou qualquer nome de usuário que você tenha em vez de root. Veja se você pode mostrar outros bancos de dados de lá.