O bloqueio do arquivo / processo em lote do Agendador de Tarefas é intencional no Windows, já que você pode produzir alguns resultados realmente indesejados ao tentar executar um comando antes que o outro seja concluído. Você pode, no entanto, fazer o contrário / reverso disso e ter vários arquivos em lote que possuem esses comandos
set java_classpath
java javaClass
que são chamados por um arquivo de lote. Para fazer isso, você criaria um arquivo em lote que chama os outros que você criou com o código acima. Por favor, veja este site para uma boa referência. Eu fiz coisas parecidas com o Prompt de Comando e instalações automatizadas do Microsoft Office no arquivo de resposta XML.