A tarefa sxheduler, na verdade, é interrompida, mas o processo ainda está em execução? Nesse caso, talvez seja necessário refazer o script para que ele não seja liberado para outro processo que não esteja sob o controle do agendador de tarefas. Alguns processos ficam presos tentando ser terminados. Mas uma simples cópia de arquivo deve ser fácil o suficiente para o agendador de tarefas matar.