Respondendo a minha própria pergunta: a resposta é "erro do usuário". Toda a coisa de USB / NTFS era um arenque vermelho!
Meu comando rsync
foi supostamente para fazer backup da minha unidade interna em uma unidade USB externa, assim:
$ rsync -avx / /media/backupdrive
Após uma atualização recente do sistema operacional, no entanto, o Ubuntu alterou o destino montado automaticamente para / media / nome de usuário / backupdrive, inserindo meu nome de usuário no caminho. Então, meu script não estava realmente batendo na unidade USB, mas gravando / media localmente na minha unidade de inicialização.
Em outras palavras, meu disco de inicialização (um SSD) estava sendo martelado por rsync
e preenchendo até 100%. Isso causou a lentidão do sistema.