Eu usaria algo como o Windows Deploymemt Services ou MDT ou SCCM para implantar máquinas. Mas suponho que o Acronis funcionará.
Imagem apenas a unidade do sistema operacional.
Para a unidade secundária, copie tudo para um servidor de arquivos (onde os limites de tamanho de disco são menos importantes, pois você pode usar o RAID, etc.).
Escreva um pequeno lote ou script PowerShell para formatar a segunda unidade e copie o conteúdo do servidor de arquivos. Ou, se estiver usando o MDT, configure-o como uma etapa da implantação.
Com esse método, suas imagens permanecem pequenas e você pode atualizar arquivos sem criar uma nova imagem. E como você está fazendo a cópia de dentro do Windows, você pode usar qualquer partição e sistema de arquivos do Windows, mesmo expandindo ou removendo discos se o conteúdo exceder 4 TB.