Assumindo que é um serviço completo do Windows que você precisa iniciar, então é tão simples quanto @Mxx aponta: basta definir o tipo de inicialização do serviço como Automático, em vez de Manual.
Se não for um serviço, mas apenas um processo normal do Windows, você poderá procurar em Autologon Sysinternals fazer com que a instância efetue login automaticamente como um usuário específico ao ser inicializado e, em seguida, as formas normais de executar as coisas na inicialização (o Grupo de inicialização no menu Iniciar , o Executar e RunOnce chaves no registro, etc) funcionará como você espera.