Eu não acho que seja importante qual pool de aplicativos você escolha se estiver hospedando um aplicativo PHP e nenhum .NET for usado.
A v2.0 e a v4.0 dizem ao IIS para usar o .NET 2.0 ou .NET 4.0 para o Aplicativo, o que não importa, já que você está usando PHP.
Apenas certifique-se de que eles estão separados.
Quanto ao modo de pipeline clássico vs. integrado, não importa também:
Alguns clássicos de leitura vs integrados: link
E aqui estão algumas leituras específicas para o PHP: link
Keep in mind that integrated mode and classic mode only affect how IIS 7.0 integrates ASP.NET into the request pipeline. These pipeline modes do not affect PHP applications directly. The FastCgiModule and all other native modules load without pipeline-mode preconditions in both integrated mode and classic mode.