Se você for capaz de conversar diretamente com o banco de dados, você deve verificar a lista de processos dos bancos de dados e ver se alguma coisa está levando muito para ser executada, etc etc
Verifique o log de erros do seu MySQL.
Por fim, verifique se o arquivo apache2 php.ini está habilitado (se o problema for muitas conexões com o banco de dados):
mysql.allow_persistent = On
mysql.max_persistent = -1
mysql.max_links = -1