Você deve conseguir acessar as pastas da máquina cliente e, em seguida, escrever para elas. Dado o vintage do aplicativo, talvez seja necessário envolvê-lo em um arquivo em lote que configure as unidades mapeadas.
Como alternativa, crie mapeamentos persistentes em uma sessão RDP comum. Também deve ser possível criar mapeamentos para o \ tsclient \? pastas virtuais criadas na sessão durante um script. Dessa forma, um aplicativo que precisa acessar unidades mapeadas pode acessar as pastas na máquina cliente.