Prefixe seu RewriteRule (s) com um RewriteCond correspondente a qualquer um dos "internos do servidor". Veja a lista completa de internos do servidor aqui .
SERVER_NAME é o que mais aparece para mim, possivelmente, o melhor a ser usado, por exemplo, para usar o prefixo (adicional) no RewriteRule:
RewriteCond %{SERVER_NAME} localhost
ou para outro que não seja o host local:
RewriteCond %{SERVER_NAME} !localhost