O gerenciador de pacotes Chocolatey usa Cyg-Get . Você pode ver se qualquer um deles suporta salvar pacotes em um local e usar esse local durante a restauração. Ou você sempre pode simplesmente fechar a pasta do cygwin. Eu frequentemente movo o cygwin para um novo computador simplesmente pegando a pasta inteira de outro sistema.
Você também pode usar as opções de linha de comando do cygwin setup.exe