Use algo como wireshark para ver quais pacotes estão sendo gerados e enviados em ambas as direções. Chegue ao nível mais baixo possível e veja o que realmente está acontecendo.
Eu tenho alguns servidores executando o Ubuntu Server 12.04.4 LTS, e todos eles tiveram um problema intermitente com o upload de arquivos da minha máquina de desenvolvimento do Windows. Ocasionalmente, quando um upload é iniciado (via SFTP), o upload é iniciado no cliente, o arquivo é criado no lado do servidor e, em seguida, expira. O arquivo no servidor permanece em 0kb. Ele pode ser excluído ou substituído, mas uma vez que isso tenha ocorrido uma vez, cada upload de arquivo subseqüente resulta no mesmo problema por um período de tempo, às vezes 5 minutos, às vezes horas. Downloads funcionam normalmente. O tamanho do arquivo não parece importar (1kb ou 50mb), diferentes clientes SFTP resultam no mesmo erro. Puxando o meu cabelo por cima deste, e toda a minha procura não encontrou uma resposta.
Atualização: Usando o PHPStorm, ainda estou me deparando com esse mesmo problema, mas ele fornece um pouco mais de informações. A barra de progresso do upload é concluída, gira por um tempo e, em seguida, diz:
Failed to transfer file 'filename.ext': could not close the output stream for file "sftp://host.tld/filename.ext".
Eu tentei desativar o firewall no servidor, achando que talvez estivesse atrapalhando ( sudo ufm disable ) sem efeito.
Update 2 (2014-07-29) Descobri que, se eu me conectar a uma VPN criptografada, nunca tenho esse problema e ele soluciona o problema se eu o ativar depois de ter problemas sem isto. Isso me leva a pensar que isso está de alguma forma ligado ao meu ISP? Isso é de todo uma possibilidade? A única diferença no tráfego é que ele é criptografado para a fonte da VPN, que NÃO é interna ao servidor (portanto, o servidor ainda está vendo isso como tráfego externo).
Use algo como wireshark para ver quais pacotes estão sendo gerados e enviados em ambas as direções. Chegue ao nível mais baixo possível e veja o que realmente está acontecendo.
Eu verifico espaço livre em disco no servidor ou sua cota de usuários.
Eu esperaria uma mensagem de erro neste caso, não um tempo limite, mas outros índices indicam falta de espaço em disco.
Tente desativar temporariamente seu software antivírus. Eu tive esse problema e desabilitar o AVG 2014 permitiu que os uploads continuassem, por normal, do meu dev PC para o servidor.
Isso também pode ser causado pelo Windows Defender e pelo AVG tentando verificar o mesmo fluxo de dados de uma só vez se você tiver o Windows 8, embora eu não possa confirmar a hipótese.