Embora possa ser fascinante descobrir exatamente por que essa combinação depende de sua situação específica, é uma situação bastante incomum (sistema operacional antigo, clonado em uma máquina diferente e depois com upgrade de distro) e pode até não ser nada disso. história que é o problema.
Uma abordagem mais pragmática seria instalar o 12.04 a partir do zero e reinstalar tudo o que você precisar para descartar a história longa e colorida do sistema operacional como a causa do problema.
É aqui que um sistema de gerenciamento de configuração como o Puppet, o CFEngine ou o SaltStack, ou qualquer um de uma dúzia de outros, ganha seu sustento.