Você clonou as máquinas virtuais afetadas de uma imagem existente ou uma da outra? Estou inclinado a pensar que, se o fizesse, eles poderiam ter SIDs duplicados, uma vez que afetam apenas Contas de Domínio e não Contas Locais (suponho que você tenha testado com várias contas de ambos os tipos para garantir que não esteja vinculado a essas contas especificamente).
Dê uma PsGetSID uma tentativa:
psgetsid \Server01
psgetsid \Server02
Se você ler Postagem do Blog de Mark Russinovich O Mito de Duplicação do SID da Máquina (e Por que o Sysprep é Importante) você pode ter uma idéia da justificativa da Microsoft para depreciar o NewSID. Basicamente, isso se resume a uma combinação de falta de confiança na idéia de que SIDs duplicados realmente causam os problemas que as pessoas pensam que fazem e falta de confiança de que uma ferramenta como NewSID realmente altera todos os locais onde o SID do computador está oculto . Dito isto, Sysprep de Michael Murgolo, SIDs de máquinas e outros mitos concordam provisoriamente com a postagem de Mark, mas acrescenta um pouco de cautela, dizendo que há uma série de problemas que acabaram sendo causados por SIDs duplicados (ou mais apropriadamente por não SysPrep-ing seus servidores como parte do seu processo de clonagem ou implantação).
TL; DR: Sempre SysPrep seus servidores (ou estações de trabalho) como parte de seu processo de implantação.