Sim, é possível com a seguinte extensão
$ cat .ebextensions/asg.config
option_settings:
aws:autoscaling:launchconfiguration:
RootVolumeType: gp2
RootVolumeSize: "48"
Você pode obter mais informações em - Opções gerais para todos os ambientes
P.S. tenha cuidado se você aplicar essas alterações ao ambiente atual - todas as instâncias serão substituídas