Depois de investigar mais, a falha foi causada pelo meu mouse sem fio. Se eu colocasse o computador no modo de suspensão e movesse o mouse, ele acordaria.
A solução estava adicionando echo "disabled" > /sys/bus/usb/devices/3-7/power/wakeup
em /etc/rc.local
para que ele seja executado toda vez que eu ligar meu computador.
Isso informa a porta usb em que eu tenho o meu transmissor EDR para desativar a opção de acordar via mouse.
Simples e limpo.