Esse é o problema com o Wordpress, no qual a instalação no Domínio A toma conta antes de você chegar à instalação DomainA, B Wordpress, devido às regras do mod_rewrite do Wordpress dentro do arquivo .htaccess.
Você pode responder por que você usaria essa configuração para ter uma instalação do Wordpress dentro de uma instalação do Wordpress?
Seria muito mais lógico ter instalações separadas, por exemplo: public_html / domaina.com / public_html / domainb.com /
Você está usando o cPanel para esta instalação?