Lembre-se de que, se você deseja instalar um software, que requer direitos de administrador, não poderá executá-lo a partir do script de logon do usuário, porque ele será executado com as credenciais do usuário. verifique, por exemplo, este fórum no Microsoft TechNet .
Eu recomendo que você use a Política de Grupo e configure scripts de inicialização, que são executados na inicialização do computador.