Tente outro formato para /home do que o NTFS. Provavelmente não suporta os arquivos de configuração usados pelo Linux, ou bagunça-os ou algo do tipo.
Tente formatá-lo em ext4 . Este é o melhor sistema de arquivos para executar o Linux, e provavelmente pode ser lido no Windows usando Ext2Fsd , que suporta ext2 e ext3, e pode suporte ext4.
Se você deseja formatá-lo, o GParted funciona bem em um Live Disk - como essa é uma partição /home , você terá que fazer isso fora de um Live Disk ou de outra máquina, já que você não pode entrar com um usuário que precisa da partição /home .
Outro método seria fazer o backup de /home e reinstalar, formatando a partição /home para ext4.