Geralmente acontece quando o arquivo tem uma bandeira imutável (i) definida por motivos de segurança.
lsattr /etc/my.cnf
chattr -i /etc/my.cnf
No caso do Amazon EBS, parece que o arquivo está vinculado a um no volume do EBS: apenas umount /etc/my.cnf
, executar atualização e bind
novamente.