Por que você precisa parar e reiniciar o pool de aplicativos? A atualização de arquivos no diretório bin fará com que o pool de aplicativos seja reiniciado nos pontos relevantes. Depois de concluir a implantação, salvar uma alteração no arquivo web.config causaria uma reinicialização do pool de aplicativos se você não atualizasse nada no bin.
Se você precisar desativá-lo, poderá fazer isso no nível do IIS (o serviço w3wp).
net stop w3wp
#Deploy
net start w3wp