Eu não acho que seja possível.
O Google App Engine usa registros CNAME para "apontar" um domínio para a infraestrutura do GAE. Devido à maneira como o CNAME funciona, o CNAME deve ser o único registro para um FQDN.
Uma das soluções é usar o serviço ANAME do DNSMadeEasy , que resolve o registro CNAME em um registro A. O encaminhamento / balanceamento de nível HTTP também pode fazer o trabalho.