As configurações no web.config são herdadas por padrão para todos os subdiretórios, a menos que outro web.config em um diretório inferior os substitua. Então não há necessidade de fazer nada.
O que exatamente você quer dizer com 'permitir acesso'?
Como posso permitir acesso a todos os subdiretórios usando o web.config? Eu sei como permitir o acesso por diretório, mas não a todos os diretórios filhos de uma só vez.
As configurações no web.config são herdadas por padrão para todos os subdiretórios, a menos que outro web.config em um diretório inferior os substitua. Então não há necessidade de fazer nada.
O que exatamente você quer dizer com 'permitir acesso'?