Se eu estou entendendo você corretamente e você quer que test.example.com ainda vá para test.example.com. Você pode adicionar outra condição e ambas as condições terão que ser atendidas para que a regra seja seguida. Seria parecido com:
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^beta\.example\.com
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^test\.example\.com
RewriteRule ^(.*)$ http://beta.example.com/$1 [R=301,L]
Agora, nem os subdomínios beta
nem test
serão redirecionados, mas TODOS os outros serão.
Se você quiser que www.example.com ou example.com vá para o subdomínio beta
que você pode usar
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www\.)?example\.com
RewriteRule ^(.*)$ http://beta.example.com/$1 [R=301,L]
Existe uma ferramenta bacana para verificar regras de modificação de regras no link
Como alternativa, se você tiver acesso ao arquivo de zona de servidores, poderá configurar registros CNAME para todos os domínios para os quais deseja apontar o subdomínio beta
e não ocorrerá redirecionamento para que o usuário acesse www.example. com a URL permanece a mesma quando eles estão de fato no site beta.