Eu tenho / tive o mesmo problema (laptop Acer 3820TG) com 2 chipsets de vídeo. Ubuntu 14.04.
Os principais problemas foram:
- O cursor pisca ou desaparece completamente.
- Eu lançava programas e a janela estava na outra tela (achei que não tinha sido lançada corretamente, urrgh!), então não consegui ver.
Como solução alternativa, selecionei Mirror Displays
em System Settings
/ Screen Display
. (Ambas as telas relataram atributos idênticos, portanto nenhum conflito de resolução é esperado)
Ele me deu um aviso de problema, mas corrigiu esses problemas. Até agora está funcionando, mas não sei por que ele detecta dois monitores embutidos. Como você, suspeito que as duas placas gráficas para um monitor estão confusas.