A resposta de Daniel continha a pista vital. Eu tive o mesmo problema. Você pode instalar a versão mais recente usando um repositório adicional. Você pode pesquisar no Google abaixo instruções. Note que há 2 repositórios como "estável diariamente" que no momento da escrita contém a versão 2.0.9 (ainda tem o ato de desaparecer do mouse) e o "mestre diário" (com a versão 2.2.0 que resolve o bug)
sudo add-apt-repository ppa:videolan/master-daily
sudo apt-get update
sudo apt-get install vlc