O "Domínio /" entre [ e ] significa que é opcional, por isso deve funcionar:
winexe -U User%Password //host command
Se isso não funcionar, use o nome do host de destino como Domínio:
winexe -U host/User%Password //host command
Isso funciona porque o Windows usa seu banco de dados do usuário local quando domain = hostname. Talvez ./User%Password (observe o ponto) também funcione. O ponto como Domínio significa "pesquise seu próprio banco de dados" também.