Você pode executar comandos após a instalação usando o shell script postinst localizado na pasta debian na origem.
Este é um script de shell normal contendo todos os comandos a serem executados (em ordem) após a instalação do pacote. O dpkg irá rodar isso automaticamente. Então, tudo que você precisa fazer é criar um script shell antes de empacotar seu pacote fonte em um pacote binário, nomeá-lo como 'postinst' e colocá-lo no diretório debian.
Para mais informações, visite o Guia de empacotamento do Ubuntu .