Não está claro se você está perguntando se não há problema em ter um host ESXi que tenha várias NICs configuradas para MTUs diferentes ou não.
O seu ESXi está conectado à sua VLAN iSCSI usando uma NIC física. Se o MTU desse NIC físico for 1500, mas o restante de sua rede estiver gerando e enviando jumbo-frames, esses quadros precisarão ser fragmentados para caber na sua NIC ESXi.
Eu sou não especialista em redes, mas tenho certeza de que essa fragmentação é feita pelo seu switch, então você está criando uma sobrecarga significativa em seu equipamento de comutação.