Eu tenho que trabalhar com isso:
RewriteEngine on
RewriteBase /
# MAGIC
RewriteCond $1 !/$
RewriteCond $1 !\.
RewriteRule ^(.+)$ /$1/ [R=301,L]
# //MAGIC
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([a-z0-9][-a-z0-9]+)\.domain\.com
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/.subdomains/
RewriteRule ^(.*)$ /.subdomains/%1/$1 [L]
Eu praticamente entendo o resto do código, exceto a parte mágica - de alguma forma, isso corrige esse bug:
http://domain3.domain.com/deep/subfolder/here/index.html
Para
http://domain.com/.subdomains/domain3/deep/subfolder/here/index.html
Neste momento isso não acontece, graças ao MAGIC ... Eu gostaria de saber por que funcionou.