Embora eu não possa explicar completamente o porquê, mover /usr para a mesma partição que / resolve esse problema. Para mim, parece que durante a inicialização, algum daemon ou processo tenta procurar algum usuário ou grupo, e falha porque o cliente MySQL ou libs sob /usr não estão (ainda) lá.
Em teoria, isso não deve causar problemas, já que todos os usuários / grupos do sistema podem ser resolvidos através de /etc/passwd e /etc/group , mas, na prática, essas pesquisas parecem interromper o processo de inicialização.