Entendi.
O matplotlib usa um backend de renderização que tem que ser legal com o x11. Mas selecionar o backend direito manualmente [matplotlib.use ('TkAgg')] lançaria uma exceção. Acontece que o matplotlib não constrói corretamente no Ubuntu com pip, faltando algumas dependências - especificamente as necessárias para backends compatíveis com x11 (definindo o padrão para 'Agg' no matplotlibrc). Corrigido por:
pip uninstall matplotlib //unistalls matplotlib
apt-get build-dep matplotlib //download and build needed dependencies
pip -U matplotlib //force matplotlib rebuild
O item acima define corretamente o backend padrão para TkAgg (no matplotlibrc). Espero que ajude alguém!